洁净厂房在使用上有温度的要求，其内部除了配置控温设备外，在厂房的设计建造上考虑了一定的保温措施。但出于利益考虑，现在厂房墙体部分往往采用现成的 间隔有保温用的泡沫或多孔塑料的，而很少用砌块砖加保温材料。这一方面增加了厂房的火灾荷载，使得墙体的耐火极限大大降低，另一方面也将燃烧时释放 浓烟和有毒气体的高分子材料引入封闭的洁净厂房，给人员疏散带来极大的威胁。
自动灭火系统中的开式系统，平时敞开的管道不能满足洁净厂房无尘无菌的要求；闭式系统管道中又经常充满灭火介质，免不了偶有泄漏，污染空气，所以自动灭火系统不宜用于洁净厂房。
洁净车间的消防安全要求如下：
（1）洁净厂房应进行专门设计，其主体建筑应为一、二级耐火等级；吊顶、分隔墙等构配件及保温、隔热、装饰材料，应尽量采用不燃材料或经过防火处理的材料。
（2）其他建筑改建为洁净声一房的，也应进行专门设计，并经公安消防部门审核。一般不得破坏原来的防火分隔，新用的保温、隔热、分隔等材料及装饰材料尽量不要采用可燃材料，如要使用的，应经过防火处理。
（3）为防止起火和燃烧，便利疏散与抢救，对防火墙间最大允许占地面积和防火分隔以及疏散路线等，一般应比其他建筑有更高的要求。出入口或拐弯处应有紧急照明灯。
（4）洁净车间内不得使用明火加热，采用电加热的必须密闭，并严格控制加热温度。各种加热装置均应安装在不燃基座上。
（5）有易燃、易爆物品的洁净厂房、电气要符合防爆要求；电气敷设和安装要从严要求，暗敷的电线当中不得有接头。对电气设备要经常维修，用后及时切断电源。对需要长开的电气设备，下班后应有专人巡逻检查。
（6）洁净车间内易燃、易爆物品只限于当班用量，下班后对剩余的易燃、易爆物品应存放人其他安全场所。
（7）使用易燃液体和气体的洁净厂房，应安装排风设备，操作台应有独立的排风装置。易燃液体蒸气和气体的尾气管应与排风系统分开。
（8）洁净车间的排风系统。应设置调节阀、止回阀或密闭阀。总风管穿过楼板和风管穿过防火墙处，必须设置防火阀。
（9）洁净车间应有比较完善的消防设施。洁净室和技术管道层均应设置火灾报警装置和自动灭火设施。根据工艺生产的特点和要求、可燃物质的种类及其数量、建筑的耐火等级等因素来配备必需的灭火器材。有贵重、高精密仪器仪表和电气设备的洁净室，应置备二氧化碳、卤代烷或喷水灭火装置。走廊上还应设有紧急报警的按钮和电话等。
